Инструментальное средство поиска регуляторных мотивов в геномах

Алгоритм применяли для поиска регуляторных мотивов в геномах бактерий и некоторых растений.Применение сравнительной геномики к поиску регуляторных модулей.Клифтен и др. [80] использовали филогенетический футпринтинг для поиска мотивов в шести геномах.Построить схемы скрытых марковских моделей (СММ) для поиска мотивов с более сложной структурой.Алгоритмы, использующие различные наборы последовательностей для поиска в них мотивов.Ван Хельден и др. [40] разработали алгоритм поиска мотивов, названный Oligo-Analysis.Алгоритм MEME [55] , созданный Бейли и Элканом, применяет стратегию EM для поиска мотивов.В алгоритме MEME используются три новаторские идеи для поиска мотивов.При этом они используют различные методы поиска мотивов, в том числе и филогенетический футпринтинг.Далее с помощью полученных PWM мотивы ищутся перед всеми генами каждого генома.