Дослідження мікробного світу перебуває в сфері екології бактерій.Дві найважливіші екологічні функції бактерій - фіксація азоту й мінералізація органічних залишків.Ймовірно, бактерії - найдавніша відома група організмів.Перші ядерні, тобто еукаріотичні, клітини виникли від бактерій приблизно 1,4 млрд.Бактерій багато в ґрунті, на дні озер і океанів - усюди, де накопичується органічна речовина.Так, у містах дощова вода містить набагато більше бактерій, ніж у сільській місцевості.Густо заселений бактеріями (зазвичай нешкідливими) травний тракт тварин.Однією із природних середовищ перебування бактерій є організми тварин і людини.Насамперед бактерії заселяють шкірні покриви, становлячи нормальну мікрофлору шкіри.Особливо доброчинну роль грають молочнокислі бактерії.